2024년 3월 11일 국가 인권위원회 회의에서 '일본군 성노예제 문제를 다 알고 있는데 자꾸 꺼내서 우리가 얻고자 하는 게 무엇이냐'면서 대한민국 정부가 일본군 위안부 피해자들에 대한 사과와 배상을 일본에 촉구할 필요를 명시한 보고서의 내용을 지목하며 "반일 감정을 자극하는 일본군 성노예 타령을 언제까지 할 것이냐. 일본군 성노예제 타령을 할 거면 중국에 의한 성노예제, 반인륜적 범죄도 지적해야 한다"고 발언했다. https://x.com/guiltyarchive/status/1801882054210294100

김용원 등의 반대로 이날 보고서는 의결되지 못했다. 또 중국의 처녀 공출 관련하여 '우리 대한민국 국민에게 성노예라는 아주 가혹한 형태, 잔혹한 반인륜적 범죄는 일본보다 중국이 훨씬 더 많이 저질렀다. 일본군 성노예제 문제는 불과 100여년밖에 안 됐다' 면서 '왜 중국이 저지른 만행에 관해서는 우리 대한민국에서 입도 뻥끗하지 않느냐'고 주장했다. 이와 더불어 외국인 가사노동자에 대한 최저임금 미지급을 지적한 내용도 문제 삼고 있다. #1 #2 #3 #4

그러나 위 발언은 역사학적으로도 틀린 말인데, 먼저 공녀는 성노예가 아니다. 공녀는 궁녀로 쓰이기 위함이 목적이었다. 사실 황제국이 제후국에서 궁녀를 충원한 것은 궁녀를 모으기가 그만큼 힘들었기 때문이다. 황제국이든 제후국이든, 궁녀를 모으는 것은 어느 나라에서나 다 힘든 일이었다. 아시아권에서는 궁궐에 있는 여자는 곧 왕의 여자로 간주했으므로, 당연히 이성교제나 결혼은 불가능한 인생이 되었다. 지나가던 왕이 건드리기라도 하면 모를까, 대부분은 평생 궁궐 막노동만 해야 했다. 그렇기 때문에 황제국은 자국민들의 저항을 피할 목적으로 이런 일을 제후국에 떠넘긴 것이다. 한편 제후국은 자기 나라 궁궐에 들일 궁녀뿐만 아니라 황제국 궁궐에 들일 궁녀까지 뽑아야 했으니, 고충이 이만저만이 아니었다. 강대국인 황제국이나 상국이 제후국에 공녀를 요구한 일차적 목적은 궁녀의 확보지, 성노예의 확보가 아니다. 공녀가 고관의 첩이 되거나 유곽에 투입되는 경우도 있었지만, 이것은 어디까지나 예외였다. 대부분의 공녀는 황제국에 가서 궁녀가 되었다. 게다가 기록 상 공녀 차출은 고려시대와 조선 시대 때인데, 고려 시대는 지금의 몽골인 원 나라 때이고, 조선 시대는 명나라 때이지만, 원 나라보다 심하지 않았고,[3] 정덕제 이후 조선에서의 공녀 차출은 없었다. 명나라는 1408년(태종 8)부터 1521년(중종 16)까지 7차례 공녀를 요구하였고, 총 114명의 조선 여인들이 공녀라는 이름으로 명에 보내졌다.

애초에 근대 인권사상이 정립된 이후 발생한 위안부 문제와 전근대의 공녀 차출을 동일선상에서 비교하는 것 자체가 상식이 결여된 억지에 불과하다. 게다가 저 발언은 반중감정으로 반일감정을 희석하기 위해 일본극우들이 자주드는 예시들 중 하나이다.

해병대 제1사단 일병 사망 사고를 수사했던 박정훈 대령에 대한 인권침해 진정 사건을 김용원 위원이 부당하게 개입해 기각시켰다는 주장이 제기되었다. 군인권센터는 사건을 맡은 인권위 조사관들이 박 대령은 인권침해를 당한 것이 맞다고 판단했음에도, 김 위원이 자신의 소위원회에서 기각시키고 전원위원회 상정도 임의로 막아 직권 남용을 저질렀다며 공수처에 수사 의뢰했다.#

김용원은 국회에서 "인권위가 좌파들의 해방구가 돼 있다", "부처님 가운데 토막 같은 소리하시네" 등의 막말을 하여 논란이 되고 있다. 인권위 관계자는 속기록에 적기도 민망한 폭언들을 회의 때마다 한다고 밝혔다.#

2024년10월31일 국회 운영위 국가인권위원회 감사 현장에서 법사위 정청래위원장을 인권침해로 직권상정 시도 하였느냐는 신장식의원의 질의에 "답변할 필요가 없다고 생각합니다." 라는 답변을 하여 논란을 일으키기도 했다. 또한 "이는 사적 복수를 위해 자신의 권한을 남용한 것" 라는 신장식의원의 발언에 "망발"이라며 끼어 들어 또 다른 논란을 낳았다