차정인 총장 재임 중, 조 민 씨의 부산대학교 의학전문대학원 입학 취소를 둘러싸고 보수와 진보 양측에서 거센 공세가 이어졌다. 보수 측에서는 법치주의바로세우기행동연대가 입학취소 결정을 내리지 않는다는 이유로 차정인 총장을 직무유기로 고발했다.# 2020년 국정감사에서 곽상도 의원이 공격하고, 황보승희 의원 일행, 곽상도 의원 일행이 부산대를 항의방문했으나 차정인 총장은 항소심판결일까지 이들 주장에 응하지 않았다.#

교육부는 1심 판결 이후 부산대에 공문을 보내 입학취소를 요구했으나, 차정인 총장은 “항소심이 사실심의 최종심”이라는 입장을 밝히며 항소심 판결 선고후에야 입학 취소 예정 처분을 내렸다. 이듬해 2월 대법원에서 최종적으로 유죄 판결이 확정되고, 청문주재자의 의견서가 3월에 제출된 후, 조 민 씨에 대한 입학 취소 처분을 시행했다.

반면, 진보 측에서는 조 민 씨를 표적 수사의 희생양으로 간주하며 대학이 그를 보호하지 않았다고 비판했고, 형사 고소까지 제기했다. 이에 대해 부산대 측은 “당시 입학요강에는 ‘허위 서류를 제출한 자는 입학을 취소한다’고 단정적으로 명시되어 있으며, 허위 여부는 법원의 판단에 따라 결정된다”고 설명하며, 총장에게 재량권이 없음을 강조했다. 차정인 총장은 “입학 요강은 대학의 공적 약속이며, 이를 지키는 것이 대학의 책무”라고 밝혔다.#

다만, 차정인 총장은 학생의 억울함을 해소하기 위해 철저한 조사를 지시했다. 부산대 입학공정위원회는 지원자들의 서류를 전수조사해 조 민 씨의 서류가 합격 여부에 영향을 미치지 않았음을 통계적으로 밝혀냈다. 이 조사 결과를 국회 교육위원회 국정감사장에 제출했다. 국민의힘 소속 교육위 의원들은 부산대의 이러한 조치를 비판했지만, 차정인 총장은 물러서지 않고 “대학은 법과 학칙에 따라 입학 취소를 결정하되, 제출서류의 합격영향 여부를 별도로 조사하는 것은 대학 자율 사항”이라는 일관된 입장을 견지했다.
국정감사에서 한 국민의힘 의원이 ‘입학 취소는 결과적으로 가혹하다’는 취지의 총장 발언에 대해 사과를 요구하자, 차정인 총장은 이를 단호히 거부하며 “법과 학칙에 따라 입학 취소를 하더라도, 교육자로서 마음이 아파야 하는 것이 당연하다”는 말을 남겼다.#

이 사건과 관련해 양측이 차정인 총장을 상대로 제기된 고소·고발 사건은 모두 무혐의로 종결되었다.